Ciężar zapewnienia noclegów, jedzenia i ochrony dla uczestników sejmu spoczywał na władzach miasta i na jego mieszkańcach. Jednak takie wydarzenie przynosiło miastu znaczne zyski.
W trakcje działań wojny trzydziestoletniej miasto pełniło funkcje lazaretu, było siedzibą poczty oraz obozowiskiem dla oddziałów wojsk przechodzących przez miasto. Było okupowane przez wojska hiszpańskie, szwedzkie, francuskie i cesarskie. Żołnierze opuścili miasto dopiero w 1650, pozostawiając po sobie długi, głód i choroby.
Miasto zostało ponownie zdobyte przez wojska francuskie w 1688 w wyniku działań wojny palatynackiej. Francuzi wypędzili z niego wszystkich mieszkańców, podpalili katedrę, kościoły, klasztory, zniszczono 700 domów, a mury miasta wysadzono. Odbudowa rozpoczęła się w 1698.
Okres francusko-bawarski thumb|Spira w 1750 r. Od 1792 miasto należało do Francji, w tym czasie było stolicą regionu w departamencie Mont Tonnerre. W wyniku postanowień kongresu wiedeńskiego miasto stało się częścią Palatynatu, którego władcą był król Bawarii Maksymilian I Józef Wittelsbach. 28 czerwca 1815 w mieście doszło do spotkania cara Rosji Aleksandra I Romanowa, cesarza Austrii Franciszka II Habsburga oraz króla Prus Fryderyka Wilhelma III Hohenzollerna. W 1816 Spira stała się stolicą powiatu .