1 października 1926 roku otrzymał awans na podporucznika marynarki wojennej i w pierwszym kwartale tegoż roku wziął udział w kursie oficerów łączności w obsłudze radia i telegrafii bezprzewodowej. Następnie służył jako oficer radiowy do października 1928 roku, kiedy otrzymał awans na porucznika marynarki i podjął pracę w dziale komunikacji Bałtyckiej Stacji Morskiej w Kilonii. Środowisko korpusu oficerskiego marynarki wojennej było prawicowe i nacjonalistyczne, ale w tym okresie Heydrich w ogóle nie był zainteresowany polityką, a wśród kolegów uchodził za liberała.
18 grudnia 1930 roku Heydrich zaręczył się z poznaną niespełna dwa tygodnie wcześniej Liną von Osten, córką dyrektora szkoły wywodzącego się ze zubożałej szlachty holsztyńskiej. Za sprawą przyszłej żony po raz pierwszy zetknął się z ideologią nazistowską. Wskutek skargi ojca innej dziewczyny, z którą wcześniej był związany, Heydrich trafił przed sąd honorowy, któremu przewodniczył admirał Gottfried Hansen.