W trakcie czystki w partii, w trakcie której stracono Bodoo, także Czojbalsan o mało nie stracił sprawowanych funkcji (a być może życia), przed czym uratowała go osobista interwencja Suche BatoraAtwood 2004, s. 104.. Po śmierci Suche Batora został wysłany na naukę do Rosyjskiej Akademii WojskowejRupen, Robert Arthur (1979). How Mongolia Is Really Ruled. U.S.: Hoover Institution Press. s. 31. ..
Od 1928 do 1929 pełnił rolę przewodniczącego Małego Churału. Funkcję parlamentu w tym czasie sprawował Wielki Churał, który zbierał się raz na 3 lata, w czasie zjazdu wybierał on ze swoich delegatów tzw. Mały Churał, będący jego reprezentantem. Mały Churał zbierał się raz na rok i wybierał swe przedstawicielstwo na czele z przewodniczącym, które to przedstawicielstwo jako jedyne z parlamentu sprawowało ciągłą władzę. Objęcie tego stanowiska umożliwiło mu dokonanie reformy rządu, na skutek której władzę w partii stracili zwolennicy partyjnej prawicy (NEP-owcy). W 1931 został ministrem rolnictwa i gospodarki hodowlanej, który to urząd piastował do 1935. Poparł wówczas reformy gospodarcze w radzieckim stylu, w tym kolektywizację rolnictwaBawden 1989, s. 293. oraz konfiskatę majątków buddyjskich klasztorówBecker, Jasper (1992). Lost Country, Mongolia Revealed. London: Hodder and Stoughton. s. 123. ..