Politykę tę ograniczył po 1932 roku, gdy miało miejsce nieudane powstanie wojskowych w regionie ChubsugułuBawden 1989, s. 292–293.. Następnie został ministrem spraw zagranicznych i ministrem obrony narodowej.
Objęcie władzy W okresie stalinowskiej czystki w partii w 1934 roku udało mu się zyskać sympatię samego Józefa Stalina, co pozwoliło mu zachować sprawowane urzędy i zwiększyło jego wpływy w rządzie. W czystce straconych zostało 56 niestalinowskich działaczy komunistycznychBaabar 1999, s. 351.. Dzięki wsparciu Stalina w 1936 roku został marszałkiem sił zbrojnych i szefem nowo utworzonego Ministerstwa Spraw WewnętrznychBaabar 1999, s. 353.. W trakcie urzędowania przyczynił się do eliminacji wysoko postawionego działacza Peldżidijna Gendena, uchodzącego za wrogiego ZSRRBaabar 1999, s. 348.. Wyrok na Gendenie uruchomił falę czystek, które przeprowadzało radzieckie NKWD. Czojbalsan miał stosunkowo niewielki wpływ na działania służb, a jego próby ratowania przed wyrokami współpracowników były przez NKWD odrzucaneBBC Films. Secrets of the Steppe.. Ofiarami czystek padli też liczni mnisi buddyjscy i intelektualiści.