W czasie wojny Czojbalsan przeprowadził szereg reform – wprowadził nową konstytucję, zreformował alfabet mongolski wprowadzając cyrylicę oraz zupełnie zlikwidował wpływy buddyjskiego duchowieństwaRobert L. Worden and Andrea Matles Savada, editors. „Economic Gradualism and National Defense, 1932-45". Mongolia: A Country Study. GPO for the Library of Congress.Ginsburgs,, G (1961). „Mongolia’s „Socialist” Constitution”. Pacific Affairs.. mały|Gieorgij Żukow i Chorlogijn Czojbalsan w 1939 Przez całe życie był zagorzałym mongolskim nacjonalistą, który nigdy nie porzucił nadziei na zjednoczenie wszystkich Mongołów pod sztandarem Mongolskiej Republiki Ludowej. W 1945 roku zachęcał do etnicznej rebelii we Wschodnim Sinciangu, a w klęsce Japonii widział szansę na realizację marzenia o „Wielkiej Mongolii” (zjednoczenia Mongolii Zewnętrznej i Wewnętrznej). 10 sierpnia 1945 roku Mongolia wypowiedziała wojnę Japonii i przyłączyła się do radzieckiego ataku na wojska japońskie w północnych Chinach (operacja kwantuńska). W trakcie kampanii Czojbalsan rozpętał za pośrednictwem prasy falę panmongolskiego nacjonalizmu. Koniec wojny i ostateczna klęska Japonii nie doprowadziły jednak do zjednoczenia mongolskich ziem ze względu na zbyt silną pozycję ChinAtwood 2004, s.