Czystki zakończyły się w 1939 roku, a ich ofiarami na skutek działań Czojbalsana padli na koniec działacze odpowiedzialni za ich przebieg (także według samego Czojbalsana wiele straconych osób było niewinnych)Baabar 1999, s. 370.. W tym samym roku objął funkcję premiera Mongolii, a więc de facto także sekretarza Komitetu Centralnego MPL-R (w tym okresie nie było funkcji pierwszego sekretarza, KC wybierał kilku równorzędnych sekretarzy, jednak, faktycznie znacznie większą władzę miał premier).
Wiosną 1939 roku doszło do akcji militarnej, w której wojska mongolskie i radzieckie starły się z siłami japońskimi z Mandżurii. W ciągu trwających od maja do września 1939 roku walk, wojska radzieckie i mongolskie dowodzone przez Gieorgija Żukowa zmiażdżyły oddziały japońskie w pobliżu wsi NomonhanKrivosheeva, G. F. (1993). Grif sekretnosti sniat’: poteri Vooruzhennykh Sil SSSR v voynakh, boevykh deystviyakh i voennykh konfliktakh. Moscow: Voennoe izd-vo. s. 77–85. .. Po inwazji III Rzeszy na ZSRR Czojbalsan poparł radziecki wysiłek wojenny (oficjalnie Mongolia nie wypowiedziała jednak Niemcom wojny). Czojbalsan i sekretarz partii Jumdżaagijn Cedenbal (forsowany na następcę Czojbalsana) nadzorowali wsparcie mongolskie dla ZSRR, które wysłano w postaci surowców, zaopatrzenia, żywności czy odzieży wojskowej.