Stefan uczęszczał do siedmioklasowego państwowego gimnazjum męskiego w Łowiczu. W 1905 roku uczestniczył w strajku szkolnym, aczkolwiek z racji młodego wieku odegrał podczas tych wydarzeń rolę mniejszą niż jego bracia. W czasie strajku i bojkotu szkoły rosyjskiej uczęszczał na tajne komplety. W tym okresie jednym z jego nauczycieli był Marian Falski. Ostatecznie władze carskie wydały zgodę na zakładanie prywatnych szkół polskich. W konsekwencji na początku 1906 roku wraz ze starszym bratem Mieczysławem podjął naukę w trzyklasowej szkole męskiej przy ul. Dworcowej w Łowiczu, prowadzonej przez inż. Stanisława Janiszewskiego. W tym samym roku po wakacjach (według innego źródła – dopiero w 1907 roku) obaj przenieśli się do polskiego prywatnego gimnazjum Emiliana Konopczyńskiego w Warszawie. Ze względu na trudną sytuację finansową rodziny Stefan był zmuszony dorabiać korepetycjami i pracami dorywczymi.
W grudniu 1910 roku rosyjska policja znalazła u niego egzemplarze nielegalnego „Robotnika”. W konsekwencji został wydalony ze szkoły i skazany na karę pozbawienia wolności w wymiarze jednego miesiąca. Wyrok odbył w X Pawilonie Cytadeli Warszawskiej. Po odbyciu kary uczęszczał do Gimnazjum im. Jana Kreczmara.