Początkowo dwumiejscowy Rafale B był używany jako samolot szkolno-treningowy, ale doświadczenia z wojny w Zatoce Perskiej i Kosowie dowiodły, że drugi członek załogi jest niezastąpiony w misjach rozpoznawczych i jako operator uzbrojenia podczas ataków na cele naziemne, dlatego też zamówiono więcej samolotów tej wersji, zastępując nimi niektóre egzemplarze Rafale C. Podobne decyzje zapadły również w dowództwie marynarki francuskiej, ale program wyposażenia okrętów w dwumiejscowe myśliwce został wkrótce wstrzymany.
Do 1999 roku, ze względu na sytuację polityczną i ekonomiczną kraju, nie było możliwe wdrożenie do produkcji wersji Rafale M, produkcja seryjna miała pierwotnie rozpocząć się około 1992 roku.
Planuje się dostarczenie francuskim siłom zbrojnym 286 samolotów Rafale (redukcja o osiem z 294, aby sfinansować opracowanie radaru z aktywnym skanowaniem fazowym), 228 dla sił powietrznych i 58 dla marynarkiRafale Upgrade Ready in 2012, defense-aerospace.com 6 czerwca 2012. W 2009 roku złożone zostało zamówienie na 60 samolotów, podnoszące oficjalne zamówienie do 180 maszyn (dostarczono 152). Priorytetowo zostały potraktowane dostawy dla marynarki, która musiała wymienić bardzo stare F-8E(FN) Crusader.