Dostawy maszyn rozpoczęły się w 1999 roku, a pierwsza jednostka wyposażona w samoloty Rafale została utworzona 18 maja 2001 roku. W 2002 roku, jednostka ta została zaokrętowana na lotniskowiec „Charles de Gaulle” i uzyskała pełną zdolność operacyjną 25 czerwca 2004 roku.
Tempo produkcji w 2012 roku wynosiło zaledwie 11 samolotów rocznie, co przy braku zamówień eksportowych zapewniało opłacalność i ciągłość produkcji. Cały program (prace B+R i zakup 286 sztuk przez Francję) jest wyceniany na 40 mld euro. W 2015 przekazano zaledwie osiem Rafale, w tym trzy wyprodukowane dla Francji Rafale B dostarczono po drobnych modyfikacjach do Egiptu. Na 2016 zaplanowano dostarczenie sześciu samolotów dla Francji i trzech dla EgiptuPress Conference – July, 21st 2016. dassault-aviation.com. W 2015 i 2016 Francja uzyskała kontrakty eksportowe na łącznie 84 Rafale, co od 2018 roku pozwoli Dassault podwoić ich produkcjęPlanemaker Dassault to double Rafale output in 2-3 years if India buys.. W 2020 r. (w okresie pandemii) wyprodukowano 13 szt., a w 2021 r. 25 szt. W 2021 zabezpieczono także produkcję eksportową na dalsze 140 szt.