Oprócz niszczenia i kradzieży macew, wiele grobów rozkopano w poszukiwaniu cennych przedmiotów, jakie rzekomo mieli mieć przy sobie zmarli.
W 1992 Waldemar Chrostowski, wojewódzki konserwator zabytków, wpisał skwierzyński kirkut do rejestru zabytków. Na jego polecenie cmentarz zbadali Henryk Grecki (z Pracowni Zieleni Zabytkowej w Szczecinie) i Ryszard Patorski (muzeum w Międzyrzeczu), wykonując zdjęcia 162 macew. Tłumaczeniem inskrypcji na nagrobkach zajął się Paweł Woronczak, a dokumentację tej inwentaryzacji przesłano m.in. do Żydowskiego Instytutu Historycznego (ŻIH) w Warszawie.
W czerwcu 2002, z inicjatywy Skwierzyńskiego Stowarzyszenia Rozwoju Gospodarczego i przy wsparciu finansowym Fundacji Forda oraz Akademii Rozwoju Filantropii w Polsce, miał miejsce projekt „Przywrócić Pamięć” (jego wartość wyniosła 26,5 tys. zł). Teren został uporządkowany, przewrócone macewy oczyszczone i ponownie ustawione. Na terenie kirkutu umieszczono tablice informacyjne, na których widniały informacje dotyczące historii skwierzyńskich Żydów, wybudowano także drewniane schodki ułatwiające podejście pod jedno z piaszczystych zboczy wzgórza. W akcji, prócz wynajętych pracowników i uczniów miejscowych szkół średnich, wzięli także młodzi Niemcy z Mauritius Gymnasium w Büren k. PaderbornZob. .