Otwarcie odrestaurowanej nekropolii, w którym uczestniczyli przedstawiciele żydowskiej gminy wyznaniowej ze Szczecina, połączone zostało z konferencją naukową i wystawą fotografii przedstawiających cmentarz.
Rok później, w nocy z 9 na 10 listopada 2003, cmentarz został zdewastowany. Na stronie antyrasistowskiej organizacji Nigdy Więcej, w tzw. „Brunatnej Księdze”, wydarzenie opisano w następujący sposób: Wiele nagrobków zostało przewróconych lub rozbitych. Większość napisów wykonanych przez wandali udało się usunąć, ale w kasie gminnej nadal brakuje pieniędzy na całkowitą renowację cmentarza. Sprawcy profanacji nie zostali wykryci, a sprawę szybko zbagatelizowano. Kirkut niszczeje ponownie. Pomimo tego, młodzież z miejscowego liceum regularnie go porządkuje, oczyszczając nekropolię ze śmieci i opadłych liści.
W lipcu 2014 władze gminy Skwierzyna wyremontowała schody, prowadzące do nekropolii od strony centrum miasta. Łączny koszt tego przedsięwzięcia wyniósł blisko 29 tys. zł, z czego około 15 tys. stanowiła dotacja z unijnego Programu Rozwoju Obszarów Wiejskich.
W kwietniu 2015 cmentarz został uporządkowany przez grupę wolontariuszy z niemieckiego stowarzyszenia „Znaki Pokuty”.