W górnej kredzie zaznaczyły się na terenie dzisiejszych Pienin silne ruchy górotwórcze. Przeważnie głębokomorskie osady węglanowe i krzemianowe basenów zostały oderwane od pierwotnego podłoża i ponasuwane na siebie w postaci płaszczowin (otrzymały one nazwy: niedzicka, braniska, pienińska oraz haligowiecka). W efekcie fałdowań w miejscu szerokiego morskiego basenu (ok. 250–300 km) powstał orogen skałkowy, łańcuch górski „pra-Pienin” o szerokości ok. 50 km, który został wydźwignięty ponad powierzchnię akwenu. Jeszcze pod koniec kredy uległ on częściowej denudacji. Następnie ponownie został zalany przez morze w paleocenie. Jako podwodny grzbiet, stanowił granicę pomiędzy basenem magurskim i basenem podhalańskim. Przykryła go wówczas cienka warstwa paleogeńskich osadów klastycznych (molasa i flisz), które utworzyły się w brzeżnej części obu basenów.
mały|skaluj=1.1|Skały wapienne budujące Przełom Pieniński