W tym samym roku dostał się na studia medyczne, których nie zdążył rozpocząć ze względu na wybuch II wojny światowej. Rozpoczął nauczać na tajnych kursach gimnazjalnych w Krakowie, Częstochowie i Piotrkowie Trybunalskim. Tutaj dostał się do getta skąd niedługo udało mu się uciec do Warszawyhttps://getto.pl/en/Sources/Wywiad-USC-25750-Stefan-Morawski. W 1942 podjął pracę w Instytucie Farmaceutycznym jako robotnik, jednocześnie studiując filozofię na tajnych kompletach Uniwersytetu Warszawskiego oraz medycynę (z której potem zrezygnował) w Prywatnej Szkole Zawodowej dla Pomocniczego Personelu Sanitarnego. Filozofię studiował początkowo pod opieką wybitnych profesorów – Tadeusza Kotarbińskiego i Władysława Tatarkiewicza a także Władysława Witwickiego, Juliana Krzyżanowskiego i Nelli Samotyhowej. Absolutorium uzyskał tuż przed wybuchem Powstania Warszawskiego. Wziął udział w Powstaniu Warszawskim (obwód I, rejon I) będąc w szeregach Armii Krajowej. Był rannyhttps://encyklopedia.slw.uw.edu.pl/articles/morawski-stefan-tadeusz/. Po upadku Powstania do kwietnia 1945 pracował w Zakopanem jako posługacz domowyhttps://lustronauki.wordpress.com/2009/01/23/stefan-morawski/.