Zarówno ona, jak i jej mąż zmienili swoje imiona – ona z Maria Anna na Eliza, a on z Paquale na Feliks.

Czasy Konsulatu W czasach Konsulatu Eliza mieszkała w Hôtelu Maurepas. Wśród przyjmowanych przez nią gości byli Jacques-Louis David, Ludwik de Fontanes i François-René de Chateaubriand. Interesowała się również, podobnie jak brat Lucjan Bonaparte teatrem. W sztuce Alzire Woltera, zagrała jedną z głównych ról.

W tym czasie jej mąż otrzymał dowództwo półbrygady i przydział do miejskiego garnizonu. Eliza ingerowała w sprawy awansów w dowodzonej przez niego jednostce. Według Metternicha nawet Napoleon Bonaparte obawiał się siostry. Eliza starała się zaskarbić jego przyjaźń, pozwalając sobie jedynie na krytyczne wypowiedzi w sprawach wydatków jego żony Józefiny. Prawdopodobnie informacje o romansach Elizy, przekazane Napoleonowi przez ministra policji Josepha Fouché, stały się przyczyną jej wyjazdu z Paryża.

Okres cesarstwa 18 maja 1804 Napoleon zaliczył ją (lecz nie jej męża) w poczet francuskiej rodziny cesarskiej i nadał jej tytuł „Cesarskiej Wysokości”.