W polityce zagranicznej władczyni znajdowała preteksty do sporów z sąsiadką – neurotyczną królową Marią Luizą ze zbankrutowanej i podupadłej Etrurii, zmuszając ją do ustępstw terytorialnych – Eliza zamierzała przejąć całą Toskanię. Jej realizm symbolizowało wykorzystanie starego herbu rodziny Bonaparte zamiast współczesnego tworu. Wiedziała, jak postępować z Napoleonem, mimo iż jej nie lubił. Jego urodziny 15 sierpnia zawsze obchodzono w Lukce starannie przygotowanymi uroczystościami, a gdy nadchodziły wieści o cesarskich zwycięstwach, śpiewano Te Deum. Eliza rządziła państewkiem zgodnie ze standardami absolutyzmu oświeconego. Posiadała licznych kochanków. Nad dworem Elizy zawsze unosiła się lekka atmosfera skandalu: co znamienne, lektorką władczyni była awanturnica Ida Saint-Elme, utrzymanka marszałka Neya.
Najbardziej intrygujący romans łączył Elizę ze skrzypkiem Paganinim, którego mianowała virtuoso di corte i dowódcą swojej straży przybocznej. Podczas pobytu w Lukce muzyk skomponował dla niej sonatę skrzypcową, sonatę na skrzypce i orkiestrę na cześć cesarza, znaną jako Napoleońska i sonatę na skrzypce i gitarę. Upodobanie do skrzypiec Eliza zawdzięczała nie tylko swojemu mężowi Feliksowi – sama uwielbiała muzykę.