Neapolitański renegat Paisiello zadedykował jej operę Prozerpina, za co otrzymał złoty medal, a Spontini Westalkę. Eliza zaś na swojego maestro wybrała utalentowanego Pucciniego, dziadka Giacoma.
Eliza zaspokoiła własne ambicje, dodając do swojego państwa Toskanię, co osiągnęła – rzecz nietypowa dla Bonapartów – taktem i dyplomacją. Zamiast przekazać Toskanię i Parmę siostrze, kiedy ich władcy zostali obaleni w 1808 roku, Napoleon włączył je do imperium francuskiego. Eliza nie okazała najmniejszych oznak rozczarowania. „Mam niewielkie ambicje i tutejszy klimat mi odpowiada”, napisała do swojego ulubionego brata Lucjana. Mimo to składała dyskretne wizyty we Florencji (jako „hrabina de Mondioni”), by obejrzeć kolekcję dzieł sztuki i salony miasta. Zaczęła też korespondować z toskańskimi urzędnikami, włącznie z szefem policji, który skarżył się jej na mankamenty administracji. Pozostawała wierna Napoleonowi – rządziła Lukką dokładnie tak, jak chciał, składała dochody z ceł na coroczną rekompensatę i wprowadziła francuskich inspektorów, by sprawdzali, czy brytyjskie towary nie wpływają do jej portów.