W nagrodę za posłuszeństwo bratu, w maju 1809 roku została generalnym gubernatorem Toskanii z tytułem wielkiej księżnej. Jej mąż, książę Feliks, nie dostał tytułu wielkiego księcia, ale zaledwie tytuł lokalnego głównodowodzącego, a tym samym musiał wykonywać rozkazy żony. Eliza w praktyce była wicekrólem, chociaż oficjalnie Toskania pozostawała częścią Francji. Wyremontowała pałac Pitti i tam urządziła swoją rezydencję – latem przenosiła dwór do Pizy. Władza wielkiej księżnej rozciągała się teraz od Apeninów do morza (sięgając aż do Elby, z nadziejami na Korsykę). Eliza zorganizowała tu na poły królewski dwór i gwardię z florenckiej szlachty. Pompa i ceremoniał były nieco zbyt pretensjonalne, chociaż Eliza pobierała lekcje etykiety od pani de Genlis, dawnej nauczycielki dzieci księcia Orleanu. Dużym kosztem sprowadziła trupę francuskich aktorów, by grywali na zmianę z rodzimymi aktorami włoskimi. Zachowała jednak dość realizmu i na swojej nowej fladze zostawiła stary herb Bonapartów, a na listach do cesarza podpisywała się „Twoja najbardziej oddana i uległa siostra”. Nie mogła uniknąć okazjonalnych sporów, kiedy zaś odmówiła deportowania kłopotliwej wdowy, hrabiny Albany, małżonki Bonny’ego Prince’a Charliego, cesarz napisał: „Jesteś moją poddaną i musisz być posłuszna moim ministrom jak każdy inny Francuz”.