266–277.
16 lipca 1571 Komisja ogłosiła z polecenia króla zbiór 28 artykułów dla straży morskiej. Regulowały one przysięgi kapitanów i załóg, dyscyplinę okrętową, postępowanie wobec nieprzyjaciela, stosunek do urzędników królewskich i Komisji, sądownictwo na okrętach oraz zasady podziału zdobyczy. Ustanowiono także urząd generalnego profosa straży morskiej, powierzony Henrykowi Osfelthowi.
Komisja nadzorowała ponadto rozpoczętą w czerwcu 1570 roku w Elblągu budowę własnych okrętów królewskich. Pod kierownictwem sprowadzonych z Wenecji mistrzów szkutniczych Dominika Zaviazela i Jakuba di Salvatore zbudowano duży okręt wojenny i dwie jednostki pomocniczeKuliński Bohdan Andrzej, "Okręt Jego Królewskiej Mości Zygmunta II Augusta. Historia galeonu, który nie był galeonem", Warszawska Firma Wydawnicza, 2012. Kierownictwo nad gospodarczą stroną budowy sprawował z ramienia Komisji podskarbi kasztelana gdańskiego Jan Bąkowski. Prace konstrukcyjne zakończono jesienią 1571, lecz okręt nie został przed śmiercią króla w pełni uzbrojony i wprowadzony do służby.
Zakończenie funkcjonowania