Od czerwca 1941 stał na czele Inspektoratu Rejonowego ZWZ-Podokręg Rzeszów AK, gdzie podlegało mu ok. 15 tys. członków konspiracji. Dowodził Podokręgiem aż do lutego 1945, brał udział w wielu akcjach bojowych na obszarze powiatów Rzeszów, Dębica, Kolbuszowa. Jego adiutantem był Mieczysław Wałęga. Doprowadził do doskonałego zorganizowania struktur wywiadu i kontrwywiadu, które zlikwidowały łącznie ok. 300 konfidentów Gestapo i kolaborantów. Sukcesem jego podwładnych było przechwycenie części pocisków V-1 i V-2 wiosną 1944 oraz wykrycie tajnej kwatery Adolfa Hitlera w tunelach kolejowych w Stępinie i Strzyżowie (Anlage Süd). Przyczynił się do uruchomienia na Rzeszowszczyźnie konspiracyjnej fabryki broni. W międzyczasie awansował do stopnia majora (1944; ze starszeństwem z 1 stycznia 1945). W lutym 1944 przeprowadził antyukraińską akcję „Wet za wet”, a w maju 1944 akcję „Kośba” – likwidację funkcjonariuszy hitlerowskich na swoim terenie. Nosił wówczas ps. Pług. Prowadził ascetyczny tryb życia, odznaczał się wyjątkową pobożnością.