Kościoły przekształcono w meczety, budowano tureckie łaźnie i minarety, zakładano szkoły koraniczne, a rynek zamieniono na bazar. Muzułmańscy dostojnicy kierowali miastem zgodnie z zasadami szariatu. Pecz przez z górą wiek był wyspą pokoju w ogarniętym wojną świecie. mały|Oblężeniu Peczu w 1664 r. W 1664 r. do Peczu dotarły wojska Mikołaja Zrińskiego, Chorwackiego bana walczącego z Turkami. Zriński wiedział, że nawet jeśli zajmie miasto, nie będzie mógł go utrzymać, ponieważ znalazł się w głębi tureckiego terytorium. Obrabował i podpalił miasto, zamku jednak nie udało mu się zdobyć. Tym samym średniowieczny Pecz został zniszczony na wieki. Po uporaniu się w 1685 r. przez cesarza Leopolda I Habsburga z Emerykiem Thökölym wojska zawiązanej w 1684 r. Ligi Świętej zaczęły powoli wypierać Osmanów z Węgier. Po wyzwoleniu Budy (1686) wojska Ligi wyruszyły wyzwolić Pecz. Straż przednia wkroczyła do miasta i ograbiła je. Turcy widzieli, że nie będą mogli utrzymać miasta, więc podpalili je i schronili się w zamku. 14 października wojsko Ludwika Badeńskiego zajęło miasto i zburzyło prowadzący do zamku wodociąg. Turcy nie mieli innego wyboru, 22 października musieli poddać zamek. W mieście powołano trybunał wojenny pod zwierzchnictwem komendanta Karla von Thüngena.