Dwór w Wiedniu najpierw chciał zniszczyć miasto, ale potem zdecydował utrzymać je, żeby równoważyło wpływ pozostającego wciąż w rękach tureckich Szigetváru. Miasto ponownie zaczęło się rozwijać, rozwój spowolniły tylko dwie epidemie dżumy w latach 90. XVII w.
W 1688 roku przybyli niemieccy osiedleńcy. W nadchodzących czasach tylko jedną czwartą ludności Peczu stanowili Węgrzy, a pozostałą część Niemcy i Słowianie południowi. Ponieważ Węgrzy byli mniejszością, Pecz nie wsparł powstania Rakoczego. Z tego powodu wojska Franciszka II Rakoczego w 1704 roku ograbiły miasto.
Pecz w okresie nowożytnym mały|lewo|Pecz w XVIII w. Po 1710 roku rozpoczął się spokojniejszy okres. Rozwijał się przemysł, powstawały cechy rzemieślnicze, wybudowano nowy ratusz, rozkwitał handel i uprawa winorośli. Miasto chciało się wyswobodzić spod zwierzchnictwa lennego biskupa Peczu i biskup György Klimó nawet zgodziłby się, ale zabroniła mu tego Stolica Apostolska. Klimó był światłym człowiekiem, założył w 1772 roku pierwszą drukarnię. Przyczynił się też do powstania pierwszej publicznej biblioteki w kraju, której przekazano ok. 3 tysięcy książek z biblioteki biskupiej.