Działania władz tymczasowych Nowa rzeczywistość polityczna nie pociągnęła za sobą gwałtownych zmian administracyjnych. Dąbrowski i Wybicki dążyli do zapobieżenia anarchii i walkom utrzymując dotychczasową strukturę władzy. Kamerę zastąpiła złożona z wielkopolskich możnych Komisja Wojewódzka. Zmieniono także wyższych urzędników miejskich. Jeszcze w listopadzie prezydentem został Dominik Kotecki, który pełnił już tę funkcję w I Rzeczypospolitej, zaś dyrektorem policji został Kazimierz Czochorn. Tymczasem urzędnicy niższego szczebla pozostali na swoich stanowiskach. Wymiany aparatu administracyjnego dokonywano stopniowo, a dotychczasowi urzędnicy mogli zachować swoje stanowiska pod warunkiem złożenia przysięgi wierności nowym władzom.
Nowy ustrój Powołana w styczniu 1807 r. Komisja Rządząca dokonała kolejnych zmian we władzach miasta. Korzystając z przedrozbiorowej "Ustawy o miastach" z kwietnia 1791 miasto podzielono na 3 wydziały, w których wybrano po 15 przedstawicieli. Zgromadzenie tych 45 przedstawicieli wybrało następnie 9 rajców. Nowa rada składała się niemal wyłącznie z Polaków. Jedynym przedstawicielem niemieckiej mniejszości był Tatzler, który objął urząd wiceprzewodniczącego rady miasta, a następnie także dyrektora policji.