Po ukończeniu szkoły podstawowej i średniej w Brazzaville (stolica ówczesnej Francuskiej Afryki Równikowej), w 1952 podjął pracę w Publicznych Służbach Pocztowych i Telekomunikacyjnych. W 1958 wstąpił do armii francuskiej i rozpoczął szkolenie wojskowe. Uzyskał stopień podporucznika, a następnie porucznika sił powietrznych. Służył w Brazzaville, Bangi i Forcie Lamy (Ndżamena).
Kariera polityczna Po uzyskaniu przez Gabon niepodległości w sierpniu 1960 rozpoczął działalność polityczną. W 1960 podjął pracę w Ministerstwie Spraw Zagranicznych. W lutym 1961 pierwszym prezydentem kraju został dotychczasowy premier Léon M’ba, lider partii Bloc Democratique Gabonais (BDG, Gaboński Blok Demokratyczny). W 1961 Bongo prowadził kampanię wyborczą przyszłego ministra zdrowia, M. Sandougouta, przed wyborami parlamentarnymi. W marcu 1962 został wicedyrektorem gabinetu prezydenta M’by, a siedem miesięcy później dyrektorem.
Od 17 do 18 lutego 1964 był przetrzymywany w areszcie w Libreville w czasie, pierwszego w historii kraju, zamachu stanu. Wojsko na dwa dni uwięziło i odsunęło od władzy prezydenta M’bę. Utworzony Komitet Rewolucyjny nowym prezydentem mianował Jean-Hilaire’a Aubame’a.