min meczu i był to jego ostatni mecz w katalońskim zespole.
Kariera trenerska thumb|Josep Guardiola jako trener FC Barcelona B, 24 lutego 2008, mecz przeciwko CF Vilanova i la Geltrú. W wyborach na prezydenta FC Barcelona popierał Luisa Bassata i w wypadku zwycięstwa tego kandydata miał zostać dyrektorem sportowym.
FC Barcelona W lipcu 2006 roku ukończył kurs trenerski, a od czerwca 2007 roku został szkoleniowcem FC Barcelona B, zastępując Quique Costasa – człowieka, który udzielił mnóstwo rad młodemu pomocnikowi Pepowi oraz rozpędził jego karierę w klubie FC Barcelona. W tamtym czasie wokół klubu panowała okropna atmosfera do tego stopnia, iż zaprezentowanie Guardioli w roli trenera FC Barcelona B umknęło nawet katalońskim mediom. Podczas prezentacji w roli trenera Barcelona B powiedział: Nie liczy się to, kim byłem jako piłkarz. Jako trener jestem nikim i zaczynam od zera. Tylko zwycięstwa dadzą mi wiarygodność. To jedyny sposób żebym mógł się rozwinąć jako szkoleniowiec. Naszym priorytetem jest dalsza produkcja piłkarzy pierwszej klasy, ale jeśli nie będę wygrywał i nie awansujemy do drugiej ligi, to nie będę mógł tu dalej pracować. Tak to działa. Pierwszy mecz, który rozegrał w roli trenera, odbył się przeciwko Balaguer, który zakończył się zwycięstwem Barcelony B 4:2. Pep za sterami Barçy B stał do czerwca 2008 r.