Przez ten okres Guardiola wraz ze swoimi podopiecznymi awansował do Segunda División. Miejsce Pepa na stanowisku trenera FC Barcelona B w 2008 roku zajął Luis Enrique. 5 maja 2008 katalońskie media podały, że po zakończeniu sezonu 2007/08 Pep zostanie trenerem pierwszej drużyny Blaugrany, zastępując Holendra Franka Rijkaarda, co trzy dni później potwierdził prezydent klubu Joan Laporta. Guardiola nie był faworytem do funkcji trenera FC Barcelony. Kandydatami do stanowiska trenera byli również: José Mourinho, Laurent Blanc, Michael Laudrup, Arsène Wenger oraz Ernesto Valverde. Jednak zarząd wybrał Guardiolę, wcześniej jeszcze uzgadniając decyzję z Cruijffem.
Oficjalnie Pep podpisał kontrakt 5 czerwca 2008 r., a dwanaście dni później został oficjalnie zaprezentowany jako trener pierwszej drużyny. Jego asystentem został Tito Vilanova, z którym współpracował również w drużynie FC Barcelona B. Wiele osób martwiło się decyzją twierdząc, że Guardiola ma za mało doświadczenia i może sobie nie poradzić z kadrą złożoną z tak wymagających osobistości jak Ronaldinho, Deco czy Samuel Eto’o. Przed przyjściem Katalończyka FC Barcelona pod względem sportowym była bardzo słaba.