Rozwój klasztoru został jednak zahamowany. Wpłynęło na to kilka czynników. Pierwszym z nich była rywalizacja z osadzonymi w pobliskim Witowie norbertanami. Przyczynami sporu, rozpoczętego już w pierwszej połowie XIII wieku i ciągnącego się przez kilka następnych, były: prawo do dziesięcin oraz przywileje budowy młynów na Luciąży i połowu bobrów. Skutki sąsiedztwa obu klasztorów: sulejowskiego i witowskiego są widoczne do dziś – położone wzdłuż drogi z Piotrkowa Trybunalskiego do Sulejowa wsie, na pierwszy rzut oka będące jedną miejscowością, mają po różnych stronach drogi różne nazwy. thumb|Dokument Konrada mazowieckiego z 1242 roku stwierdzający, że komornik wyznaczył granice sporne między klasztorem cystersów w Sulejowie i norbertanów w Witowie dla wsi Barkowice mały|320px|Szkic etapów rozbudowy opactwa (XIII–XVIII w.) Duże problemy spowodowało też częściowe złupienie dóbr opactwa przez Mongołów w 1259 roku. Także rozproszenie majątku powodowało trudności w sprawnym nim zarządzaniu. W dodatku cystersi sulejowscy zwlekali z obsadzeniem nowym konwentem klasztoru w Szpetalu, do czego byli zobowiązani, zaś przeznaczonymi na to dobrami rządzili jak swoimi. Postępowanie takie określono w roku 1285 mianem „zgorszenia”, a sprawą zajęli się: kapituła generalna zakonu, opat Morimondu oraz arcybiskup gnieźnieński Jakub Świnka.