Decyzją kapituły z 1285 roku cystersów sulejowskich przeniesiono do Byszewa, a do opactwa przybyli zakonnicy z Wąchocka. Dobra klasztorne podzielono, klasztor w Sulejowie utrzymał posiadłości w Małopolsce oraz w ziemiach łęczyckiej i sieradzkiej.
Klasztor wsparł zbrojnie walkę Władysława Łokietka z Czechami, co spowodowało potwierdzenie w 1308 roku przez Władysława Łokietka, prawnuka fundatora klasztoru, wcześniejszych przywilejów. Wystawił on dokumenty poświadczające dotychczasowe nadania i zwalniające sulejowskich mieszczan od opłat targowych w Piotrkowie i Żarnowie oraz opłat celnych. Dzięki temu bardzo wzrosło ekonomiczne i polityczne znaczenie opactwa. W roku 1318, w dniach 20–23 czerwca odbył się w Sulejowie zjazd możnych i rycerstwa, na którym uchwalono specjalną suplikę z prośbą do papieża o koronację Władysława Łokietka. W drugiej ćw. XIV wieku wokół klasztoru wzniesiono mury obronne (zachowane do dziś od strony rzeki) z basztami mauretańską i opacką. Kazimierz Wielki zwołał tu na 18 maja 1350 roku wiec generalny z udziałem pięciu biskupów i kanclerzy świeckich, skąd wyruszył odnosząc zwycięstwo w bitwie z Litwinami (Bitwa pod Żukowem). Kolejny zjazd w Sulejowie król zwołał na 18 stycznia 1360 roku.