Następnie Hackenholt powrócił do Bełżca.

W połowie grudnia 1942 roku obóz w Bełżcu zaprzestał przyjmowania transportów, a jego załodze powierzono zadanie wydobycia i spalenia blisko 450 tys. zwłok, które pogrzebano na terenie obozu. Hackenholt był operatorem koparki, przy pomocy której otwierano masowe groby i wydobywano na powierzchnię rozkładające się zwłoki. Według Chrisa Webba wiosną 1943 roku przez pewien czas wykonywał tę samą pracę w Treblince. Późną wiosną 1943 roku, w związku z likwidacją ośrodka w Bełżcu, został przeniesiony do obozu pracy na tzw. starym lotnisku w Lublinie. W obozie tym znajdowała się centralna sortownia akcji „Reinhardt”. Hackenholt przy użyciu Cyklonu B dezynfekował tam odzież, którą odebrano zamordowanym Żydom. Nadal też wykazywał się skrajnym okrucieństwem wobec więźniów. Niektóre źródła podają, że w komorach służących do dezynfekcji zagazowywał osoby wyczerpane i niezdolne do pracy.