We wrześniu 1943 roku, podobnie jak większość weteranów akcji „Reinhardt”, został przeniesiony do Einsatz R operującej na wybrzeżu Adriatyku. Zadaniem tej jednostki była likwidacja miejscowych Żydów oraz walka z jugosłowiańską i włoską partyzantką. Służbę pełnił w Trieście. W 1944 roku został odznaczony Krzyżem Żelaznym II klasy. W kwietniu 1945 roku został aresztowany pod zarzutem sprzedaży broni partyzantom, co było wykroczeniem karanym śmiercią. Chris Webb podaje jednak, że Hackenholt uniknął rozstrzelania i został zwolniony z aresztu decyzją dowódcy Einsatz R, Dietricha Allersa. Następnie przez pewien czas miał pracować w Trieście jako kierowca. Koledzy z Einsatz R po raz ostatni mieli go spotkać na terenie Austrii, w czasie odwrotu swojej jednostki. Na drodze do Kirbach ich kolumna samochodowa miała jakoby wyminąć prowadzony przez Hackenholta wóz mleczarski o zaprzęgu konnym.
Latem 1945 roku do jego żony Ilse, która przebywała wtedy w Berlinie, miał zgłosić się Rudolf Kamm – esesman z załogi Bełżca. Twierdził, że Hackenholt wysłał go do żony, aby za jego pośrednictwem przekazała mu cywilne ubrania.