Jako jeden z pierwszych weteranów akcji T4 został przeniesiony do okupowanej Polski, aby wziąć udział w eksterminacji Żydów. Pod koniec października 1941 roku wraz z Gottfriedem Schwarzem i Johannem Niemannem udał się do Lublina. Tam prawdopodobnie dołączył do nich Richard Thomalla z Centralnego Zarządu Budowlanego SS i Policji, w którego towarzystwie udali się do wsi Bełżec. Tam 1 listopada rozpoczęli budowę pierwszego obozu zagłady w Generalnym Gubernatorstwie. W niektórych źródłach można znaleźć informację, że Oberhauser kierował budową obozu. W rzeczywistości robotami budowlanymi kierował Thomalla, podczas gdy nad całością spraw związanych z organizacją obozu czuwał Schwarz. Oberhauser odpowiadał za dostawę materiałów budowlanych. Prawdopodobnie powierzono mu także dowództwo nad kompanią wartowniczą złożoną ze wschodnioeuropejskich kolaborantów, których przeszkolono w obozie w Trawnikach (Trawniki-Männer). To Oberhauser formalnie zgłosił władzom okupacyjnym w Tomaszowie Lubelskim obecność jednostki „Sonderkommando Bełżec”.