Po przybyciu komendanta Christiana Wirtha został jego adiutantem. Był łącznikiem między nim a sztabem kierownika akcji „Reinhardt”, SS-Brigadeführera Odilo Globocnika. Cieszył się dużym zaufaniem Wirtha i utrzymywał z nim zażyłe relacje towarzyskie. Niemniej komendant prawdopodobnie uważał go za niewystarczająco „twardego”, stąd nie powierzył mu żadnej konkretnej funkcji dowódczej, a na swego formalnego zastępcę wyznaczył Gottfrieda Schwarza. Tym samym w obozowej hierarchii Oberhauser zajmował trzecie miejsce. Był swoistym pośrednikiem między Wirthem a pozostałymi członkami niemieckiego personelu. Między innymi miał wielokrotnie wyznaczać poszczególnych esesmanów do przeprowadzania egzekucji w obozowym „lazarecie”. Był obecny na każdym etapie procesu eksterminacji i odpowiadał za jego sprawny przebieg.