Wprowadzono wówczas także zakaz ingerencji prymasa w sprawy Kościoła na ziemiach pozostałych zaborów. Posunięcia te nie zostały jednak uznane przez Stolicę Apostolską.
Po utworzeniu w 1806 r. Księstwa Warszawskiego prymas Polski został jednocześnie administratorem apostolskim warszawskim i pozostał nim przez okres kongresu wiedeńskiego, aż do 1818 r.
Okres dwóch prymasów W 1818 r. diecezja warszawska została podniesiona do rangi archidiecezji, wskutek czego powstała nowa metropolia warszawska, która objęła wszystkie diecezje nowo powołanego Królestwa Kongresowego, a początkowo także nienależącą do niego diecezję krakowską, zaś dla arcybiskupów warszawskich ustanowiono wówczas odrębny tytuł prymasa Królestwa Polskiego. Archidiecezja gnieźnieńska pozostała natomiast poza granicami kadłubowego królestwa, stając się częścią Wielkiego Księstwa Poznańskiego pod panowaniem króla Prus. Rząd pruski rozpoczął wówczas pertraktacje ze Stolicą Apostolską, w trakcie których dążył do całkowitego zniesienia zarówno archidiecezji i metropolii gnieźnieńskiej jak też związanego z nimi prymasostwa Polski, co jednak nie powiodło się dzięki zdecydowanemu sprzeciwowi Rzymu. Ostatecznie okrojona już znacznie w 1818 r. metropolia gnieźnieńska uległa dalszemu zmniejszeniu, gdy na mocy zawartego kompromisowego porozumienia w 1821 r.