21 stycznia 1973 Rada Państwa zamieniła Jerzemu wyrok śmierci na karę 25 lat więzienia.
Starania o uwolnienie We wrześniu 1980 postępowanie o ułaskawienie braci zainicjował ich brat, Narcyz Kowalczyk. Postulat ich zwolnienia podniósł też w październiku 1980 Ruch Obrony Praw Człowieka i Obywatela, a następnie władze NSZZ „Solidarność”. Władze związku zgłaszały to żądanie w ramach szerszego żądania zwolnienia przetrzymywanych więźniów politycznych, m.in. w czasie nieudanych negocjacji z komisją rządową, które odbyły się w kwietniu 1981, a następnie w czasie marszów protestacyjnych organizowanych w kilkunastu miastach Polski w obronie więźniów politycznych w dniu 25 maja 1981. Ponadto od 21 maja 1981 trwały na Śląsku protesty głodowe z żądaniem uwolnienia przywódców Konfederacji Polski Niepodległej oraz braci Kowalczyków, wspierane przez Komitety Obrony Więzionych za Przekonania. Najdłuższy protest rozpoczął się 1 czerwca 1981 w Przedsiębiorstwie Budowlano-Hutniczym w Katowicach i trwał pomimo uwolnienia przywódców KPN w dniu 6 czerwca 1981, do 21 czerwca 1981, m.in. z udziałem Marii Moczulskiej, żony Leszka Moczulskiego.