W akcie gniewu, chiński dwór zamknął granice z Turfanem i wstrzymał handel, wypędzając przy tym wszystkich ujgurskich kupców z pobliskiego regionu Gansu. Doprowadziło to do tak dużej niechęci wobec Ahmeda, że ostatecznie został zmuszony do odejścia. W 1513 roku władca Hami podporządkował się chanowi Mansurowi, starszemu synowi Ahmeda, i w 1517 roku Mansur osiedlił się w Hami; miasto służyło jako baza wypadowa podczas najazdów na terytorium Chin.
Pod koniec XVII wieku Dżungarowie utworzyli Chanat Dżungarski i stali się główną potęgą w Azji Centralnej. Pod przywództwem Galdana, Dżungarowie przejęli Turfan i Hami. W tym czasie do władzy w Chinach doszła mandżurska dynastia Qing. Sprawujący rządy cesarz Kangxi chciał ponownego przywrócenia władzy chińskiej we wschodnim Turkiestanie. W 1690 i 1695 roku wysłał wojska przeciwko Galdanowi, którym udało się pokonać dżungarskie siły. Po śmierci Galdana w 1697 roku, cesarz nie starał się umocnić chińskiej władzy w Dżungarii, lecz zapewnił istnienie swoich wpływów w Hami, przekonując muzułmańskiego chana Hami, 'Abd-Allaha Tarkhan-bega, do uznania swojej zwierzchności. W mieście ustanowiono chiński garnizon.