Mimo to, miasto było kilkukrotnie atakowane przez Dżungarów na początku XVIII wieku.
150px|thumb|right|Jakub Beg W 1755 roku, w czasie panowania cesarza Qianlonga, ostatecznie zdecydowano się na zajęcie dżungarskiego regionu, na północ od gór Tienszan. Hami nie stawiło prawie żadnego oporu, a rodzina rządząca wspomogła Qingów w ich późniejszym podboju Kotliny Tarymskiej. Odtąd Hami było ważnym centrum zaopatrzenia dla wojsk chińskich, które przez cały XIX wiek były wysyłane do Turkiestanu Wschodniego, w celu tłumienia buntów. W 1865 roku, Hami na krótko przeszło pod władanie kaszgarskiego buntownika Jakuba Bega, który w latach 1862–75 podbił dużą część Sinciangu. Miasto znalazło się jednak szybko pod kontrolą Chińczyków i stało się strategiczną siedzibą, z której chiński generał Zuo Zongtang kierował akcją odzyskania Turkiestanu Wschodniego w latach 1875–77. W 1884 roku Turkiestan Wschodni został oficjalnie przyłączony do Chin jako prowincja Sinciang, lecz Hami pozostało półautonomicznym księstwem i mogło zachować swojego chana oraz miejscowe elity w uznaniu za usługi świadczone przez lokalnych władców w czasie osiemnastowiecznych kampanii.