W 1980 roku stworzył firmę Biodur Products, która zaczęła stosować plastynację na skalę przemysłową do produkcji medycznych pomocy naukowych. W 1993 roku powołał własny Instytut Plastynacji w Heidelbergu. Wykładał na w Chinach, kierował również Instytutem Plastynacji , w Kirgistanie.
Zainicjował cykl wystaw pod nazwą Body Worlds (pol. Cielesne światy), na której całe zwłoki ludzi i zwierząt oraz ich fragmenty, poddane plastynacji, wykorzystywane były jako eksponaty. Wystawy z cyklu Body Worlds są prezentowane na całym świecie, wzbudzając równocześnie wielkie zainteresowanie oraz aktywne sprzeciwy.
Twierdził, że pokazywane na wystawach zwłoki po plastynacji pozyskuje drogą darowizn ciał, dokonywanych przez samych dawców jeszcze za ich życia. Przeciwnicy wystawienniczej działalności von Hagensa wysuwali oskarżenia, że część zwłok von Hagens kupił od władz chińskich po wykonaniu wyroków śmierci, głównie na młodych skazańcachZarzut taki postawił m.in. niemiecki tygodnik Der Spiegel. Hagens odparł ten zarzut w procesie sądowym..