W 2005 roku podjął próbę wykupienia w miejscowości Sieniawa Żarska w woj. lubuskim nieczynnych obiektów przemysłowych, aby na ich terenie otworzyć kolejny oddział Instytutu Plastynacji z 300 miejscami pracy, w celu składowania plastynatów na potrzeby wystawowe. Na skutek protestów motywowanych względami religijnymi projekt został odrzucony przez polskie władze. W 2006 roku budowę oddziału zatwierdzono do realizacji w niemieckim mieście Guben, oddalonym ok. 60 km od Sieniawy ŻarskiejGazeta Lubuska nr 74 z dnia 28 marca 2006, art. pt. Niemiecka sprawa..
17 listopada 2006 otworzył stałą wystawę swoich eksponatów – Plastinarium w Guben. Od 2010 roku na czele Instytutu Plastynacji stoi syn Hagensa – Rurik.
8 grudnia 2021 miasto Greiz nadało Güntherowi von Hagensowi tytuł honorowego obywatela.
Zmarł 24 lipca 2026 roku w wieku 81 lat.
Życie prywatne Od 2008 roku chorował na chorobę Parkinsona.
Dwukrotnie żonaty. Jego pierwszą żoną była Cornelia von Hagens, której nazwisko przyjął po ślubie. Ma troje dzieci. Od 2009 roku był w drugim związku małżeńskim z lekarką Angeliną Whalley, która obecnie projektuje i zarządza cyklem wystaw Body Worlds.