João Bernardo Vieira, który w odróżnieniu od prezydenta Cabrala był Gwinejczykiem, wykorzystał niechęć do Kabowerdyjczyków i społeczne niezadowolenie z polityki rządu i 14 listopada 1980 dokonał w Bissau bezkrwawego zamachu stanu. Prezydent Cabral został zatrzymany na 13 miesięcy, a następnie wygnany. Vieira przejął władzę i stanął na czele 9-osobowej Rady Rewolucyjnej. Zamach stanu Vieiry doprowadził do ostatecznego podziału PAIGC na część gwinejską i kabowerdyjską oraz położył kres planom stworzenia wspólnego państwa.
W 1984 w kraju przyjęta została nowa konstytucja, która przywracała rządy cywilne. Na trzy dni, od 14 do 16 maja 1984, jako tymczasowy prezydent władzę w kraju przejęła przewodnicząca Ludowego Zgromadzenia Narodowego, Carmen Pereira. 16 maja 1984 João Bernardo Vieira objął nową funkcję przewodniczącego Rady Państwa (szef państwa). W 1985 Vieira brutalnie spacyfikował próbę przeprowadzenia w kraju zamachu stanu.