Na początku lat 90. w Gwinei Bissau rozpoczął się okres demokratyzacji życia politycznego. W 1991 Vieira zniósł zakaz funkcjonowania partii politycznych. Została opracowana nowa konstytucja, ustanawiająca demokratyczne wybory i stanowisko prezydenta jako szefa państwa. W 1994 odbyły się pierwsze w historii wybory prezydenckie. W pierwszej turze wyborów 3 lipca 1994 Vieira zdobył 46,2% głosów. Ponieważ żaden z ośmiu kandydatów nie zdobył większości 50% głosów, 9 sierpnia 1994 odbyła się druga tura wyborów. Vieira pokonał w niej Kumbę Ialę, byłego członka PAIGC i przywódcę Partii na rzecz Odnowy Społecznej (PRS), zdobywając 52% głosów poparciaElections in Guinea-Bissau, African Elections Database.. Wybory uznane zostały za wolne i demokratyczne. 29 września 1994 Vieira został zaprzysiężony na stanowisku prezydenta Gwinei Bissau.

W czasie swej prezydentury Vieira zdołał utrzymać wpływy i pozycję w partii. W maju 1998 został wybrany przewodniczącym PAIGC na kolejną kadencję.