Powrót do kraju i do prezydentury thumb|240px|João Bernardo Vieira z prezydentem Lula da Silvą w czasie wizyty w Brazylii w 2007. thumb|240px|Wizyta w Brazylii, listopad 2007. 7 kwietnia 2005 João Bernardo Vieira powrócił do Gwinei Bissau, po niespełna 6 latach nieobecności. Na stadionie w stolicy witało go 5 tysięcy osób„GUINEA-BISSAU: Nino Vieira returns from exile to a hero’s welcome”, Irin News, 7 kwietnia 2005.. 16 kwietnia 2005 ogłosił swój start w wyborach prezydenckich w czerwcu 2005 jako kandydat niezależny„GUINEA-BISSAU: Nino Vieira says he will contest presidential election”, Irin News, 18 kwietnia 2005..
W pierwszej turze wyborów 19 czerwca 2005 Vieira z wynikiem 28,9% głosów zajął drugie miejsce, za Malamem Bacia Sanhą (35,5%), kandydatem jego dawnej partii PAIGC. 2 lipca 2005 Kumba Ialá z Partii na rzecz Odnowy Społecznej (PRS), który zajął trzecie miejsce udzielił poparcia Vieirze, uznając go za symbol niepodległości i jedności kraju„GUINEA-BISSAU: Kumba Yala to back Nino Vieira in second round of presidential election”, Irin News, 4 lipca 2005.. W drugiej turze wyborów 24 lipca 2005 Vieira zdobył 53,35% głosów i z przewagą niespełna 20 tysięcy głosów pokonał kandydata PAIGC„Army man wins G Bissau election”, BBC News, 28 lipca 2005..