Jednakże wycofywanie obcych wojsk i organizacja wyborów oddalały się w czasie. W maju 1999 prezydent Vieira ogłosił przesunięcie wyborów z marca na koniec grudnia 1999. Spowodowało to wybuch nowych walk w Bissau 6 maja 1999. Już następnego dnia wojska prezydenckie poddały się, a Vieira szukał schronienia w ambasadzie portugalskiej„Guinea-Bissau palace ablaze”, BBC News, 7 maja 1999.„GUINEA BISSAU: Loyalist troops capitulate”, Irin News, 7 maja 1999.. Tymczasowym prezydentem został przewodniczący parlamentu, Malam Bacai Sanhá.
12 maja 1999 João Bernardo Vieira został pozbawiony funkcji przewodniczącego PAIGC. W czerwcu 1999 opuścił Gwineę Bissau i wyjechał do Portugalii celem podjęcia leczenia. Obiecywał swój powrót, jednak już na miejscu poprosił o azyl i pozostał zagranicą„Africa Deposed Guinea-Bissau’s president arrives in Portugal”, BBC News, 11 czerwca 1999.. We wrześniu 1999 Vieira został wydalony z PAIGC za „zdradzieckie przestępstwa, popieranie i podburzanie do wojny oraz praktyki niezgodne ze statutem partii”„PAIGC chooses new chairman, expels Vieira”, Irin News, 10 września 1999..