Od stycznia do czerwca 1991 dowodził jednostką Żandarmerii Mobilnej, a następnie od czerwca do sierpnia tego samego roku Wojskową Jednostką Policji Żandarmerii Narodowej. W okresie od sierpnia 1991 do lipca 1994 stał na czele oddziału Policji Wojskowej Narodowej Armii Gambii w Yundum.

W czasie służby w wojsku Jammeh jako oficer kierował specjalnymi operacjami państwowymi. W 1990 był odpowiedzialny za ochronę szczytu szefów państw ECOWAS i Konferencji na temat Liberii w Kairaba Beach Hotel w Bandżulu. W 1993 kierował ochroną spotkania dowódców Grupy Monitorującej ECOWAS (ECOMOG). W lutym 1992 dowodził jednostkami, odpowiedzialnymi za osobistą ochronę papieża Jana Pawła II, w czasie jego pielgrzymki do Gambii.

W lutym 1992 Jammeh uzyskał stopień porucznika, a w listopadzie 1994 stopień kapitana. Od września 1993 do stycznia 1994 odbywał specjalne szkolenie wojskowe w Forcie McClellan w Alabamie w USA, po którym uzyskał dyplom z dziedziny operacji wojskowych. Już po objęciu władzy w Gambii, w sierpniu 1996 Jammeh został awansowany do stopnia pułkownika.