We wrześniu 1996 odbyły się wybory prezydenckie, a w styczniu 1997 wybory parlamentarne. W tych pierwszych, 26 września 1996, Jammeh zdobył niecałe 55,8% głosów, pokonując kandydata opozycyjnej Zjednoczonej Partii Demokratycznej, Ousainou Darboe (35,8% głosów). W wyborach parlamentarnych z 2 stycznia 1997 APRC zdobył 33 spośród 45 miejsc w Zgromadzeniu Narodowym. Wybory nie były do końca wolne, gdyż część establishmentu politycznego (np. prezydent Jawara) została objęta zakazem kandydowania. Również zagraniczni obserwatorzy w swoim raporcie nie uznali wyborów za wolne i sprawiedliwe. 18 października 1996 Jammeh oficjalnie objął stanowisko pierwszego prezydenta Drugiej Republiki.
Prezydent Gambii – pierwsza kadencja 1996–2001 mały|„Jammeh dla twojej przyszłości”, plakat wyborczy prezydenta Jammeha, 2005 Gambia rządów Yahyi Jammeha formalnie została państwem z konstytucją przyjętą w powszechnym referendum i odbywającymi się regularnie wyborami. Jednak pod adresem prezydenta pojawiały się wielokrotnie zarzuty nadużywania władzy, ograniczania swobód obywatelskich i łamania praw człowieka. Krajem kilkakrotnie wstrząsały także próby przejęcia władzy na drodze przewrotu.