Ważną jednostką badawczą uczelni jest Czech Advanced Technology and Research Institute (CATRIN), utworzony jako instytut uniwersytecki przez integrację zespołów badawczych zajmujących się biotechnologią, nanotechnologiami, nowymi materiałami, biomedicyną i badaniami roślin.
Uczelnia prowadzi również działalność popularyzatorską i organizuje wydarzenia naukowe adresowane do społeczności akademickiej, szkół i mieszkańców regionu. W strukturze uniwersytetu funkcjonuje między innymi park naukowo-technologiczny oraz centrum transferu wiedzy i technologii.
Współpraca międzynarodowa Uniwersytet Palackiego uczestniczy w programach mobilności akademickiej i współpracy międzynarodowej. Jest członkiem European University Association oraz sieci Aurora, zrzeszającej europejskie uniwersytety ukierunkowane na odpowiedzialność społeczną i zrównoważony rozwój.
Władze Rektorem Uniwersytetu Palackiego jest doc. JUDr. Michael Kohajda, Ph.D. Funkcję objął 1 maja 2025 roku, zastępując prof. Martina Procházkę. Jego kadencja ma trwać do 30 kwietnia 2029 roku.