W kolejnych dekadach struktura uczelni była stopniowo rozbudowywana. Wydział Nauk Przyrodniczych powstał w 1958 roku, Wydział Kultury Fizycznej w 1991 roku, Wydział Prawa został odtworzony po 1989 roku, a Wydział Nauk Zdrowotnych powstał w 2008 roku.
Struktura Uniwersytet Palackiego składa się z ośmiu wydziałów: Cyrylo-Metodiański Wydział Teologiczny (); Wydział Lekarski i Stomatologiczny (); Wydział Filozoficzny (); Wydział Nauk Przyrodniczych (); Wydział Pedagogiczny (); Wydział Kultury Fizycznej (); Wydział Prawa (); Wydział Nauk Zdrowotnych ().
Jednostkami uniwersytetu są także rektorat, biblioteka, wydawnictwo uniwersyteckie, centrum komputerowe, akademickie centrum sportowe, centrum zakwaterowania i wyżywienia, park naukowo-technologiczny oraz inne jednostki ogólnouniwersyteckie.
Działalność naukowa Uniwersytet prowadzi badania w wielu dziedzinach, od nauk humanistycznych i społecznych po medycynę, nauki przyrodnicze, prawo, teologię i nauki o zdrowiu.