W 1838 r. Morse zmienił szyfr telegraficzny ze słownika telegraficznego na kod, który został przypisany każdej literze. Dyskusyjną sprawą jest, czy pomysłodawcą był Vail, czy Morse, jednak większość badaczy twierdzi, że był to Vail. Nowy kod został nazwany „alfabetem Morse'a” i tak pozostało do dziś.
8 lutego 1838 Morse zaprezentował telegraf po raz pierwszy gronu naukowemu w Instytucie Franklina w Filadelfii, a 21 lutego prezydentowi Martinowi van Burenowi. Niedługo potem kongresman z Maine, Francis Smith, został wspólnikiem Morse'a. Próbował nawet przeprowadzić w Kongresie ustawę dającą 33 tysiące dolarów na wybudowanie linii telegraficznej. Ustawa nie została jednak uchwalona przez Izbę Reprezentantów Stanów Zjednoczonych.
Morse był także pionierem telegrafii bezprzewodowej, zastosował środki transmitowania sygnału telegraficznego, takie jak: szyny kolejowe czy woda i inne przewodniki. Uważa się też, że zastosował pewnego rodzaju anteny nadawcze, co mogło być pierwowzorem radia.