Watykan uznawał Jakuba Franciszka Edwarda Stuarta za Jakuba III i VIII, króla Wielkiej Brytanii i Irlandii. Po jego śmierci w 1766 roku nie uznał jednak jego syna (brata Henryka), Karola Edwarda Stuarta, który w 1750 roku przeszedł na anglikanizm. Jednocześnie Stolica Apostolska nie uznawała oficjalnie monarchów z dynastii hanowerskiej. W listopadzie 1792 roku Watykan po raz pierwszy określił jednak Jerzego III mianem króla Wielkiej Brytanii i Irlandii, a nie – jak wcześniej – elektora Hanoweru. Wywołało to protest Henryka, który stwierdził, że takie upokorzenie może sprawić, iż nigdy więcej nie odwiedzi Rzymu.
Mimo ogólnie antyklerykalnego nastawienia i wrogości wobec monarchii Burbonów, w 1798 roku francuski Dyrektoriat zaproponował Zjednoczonym Irlandczykom wyniesienie Henryka na tron Irlandii jako Henryka IX. Miało to miejsce w czasie, gdy generał Jean Joseph Amable Humbert wylądował ze swoimi wojskami w hrabstwie Mayo, wspierając irlandzkie powstanie i próbując zdobyć poparcie katolickiej ludności. Wielu irlandzkich duchownych popierało powstanie, mimo że armia Humberta składała się z weteranów antyklerykalnych kampanii prowadzonych wcześniej we Włoszech.