Są również nieprzyjemne, a podawany doustnie środek kontrastowy powoduje niekiedy zaburzenia żołądkowo-jelitowe i reakcje alergiczne.
Koncepcja zdalnego obrazowania przewodu pokarmowego przy pomocy kapsułek z transmiterem, mająca rozwiązać te problemy, powstała w roku 1981, a jej autorem był Gavriel Iddan z Izraela. W 1996 roku Paul Swain z Wielkiej Brytanii przeprowadził na zwierzętach badania prototypem kapsułki endoskopowej. W sierpniu 2001 roku amerykańska Agencja Żywności i Leków zatwierdziła endoskopię kapsułkową jako nową metodę badania jelita cienkiego.
Badanie to okazało się dużo bardziej skuteczne w diagnostyce krwawień z jelita cienkiego i choroby Crohna od dotychczas stosowanych metod. Według World Journal of GastroenterologyRami Eliakim: Wireless capsule video endoscopy: Three years of experience endoskopia kapsułkowa umożliwia diagnostykę krwawień z przewodu pokarmowego w 50–67% (enteroskopia jedynie w 25–30%), natomiast w diagnostyce choroby Crohna jest skuteczna w 43–71% (enterokliza tomograficzna poniżej 30%).
Endoskopia kapsułkowa jest również mniej uciążliwa dla pacjentów, nie wiąże się bowiem, jak enteroskopia, z koniecznością połykania długiej rury, co nawet przy zastosowaniu miejscowego znieczulenia gardła powoduje bardzo nieprzyjemne odczucia (mdłości, odruch wymiotny, wrażenie duszenia się).