W błonie śluzowej przewodu pokarmowego występują charakterystyczne zmiany: suchość błony śluzowej jamy ustnej i gardła scieńczała błona śluzowa żołądka zaniku gruczołów w błonie śluzowej żołądka rozciągnięcie jelita grubego Wydzielanie soków trawiennych staje się upośledzone. Szczególnie często występuje achlorhydria oporna na histaminę i pentagastrynę, co w licznych przypadkach staje się przyczyną współistnienia niedokrwistości na skutek upośledzenia wchłaniania żelaza czy witaminy B12.
Jednym z najbardziej częstych i znanych zaburzeń jelitowych są przewlekłe zaparcia, będące wynikiem leniwego ruchu robaczkowego jelit oraz nacieczeń śluzowatych w splotach warstwy mięśniowej jelita, co może wywołać niekiedy objawy porażennej niedrożności.
W niektórych przypadkach może jednak wystąpić wzmożenie czynności ruchowej przewodu pokarmowego, co objawia się występowaniem bólów w jamie brzusznej na skutek spastycznego skurczu jelit.
Pacjenci z niedoczynnością gruczołu tarczowego mają skłonność do kamicy żółciowej. Jest to spowodowane nie tylko hipercholesterolemią, lecz głównie hipotonią pęcherzyka żółciowego i zastojem żółci.