Stanisławem Hozjuszem) oraz profesorem teologii scholastycznej na rzymskim uniwersytecie Sapienza.
Sobór Trydencki Papież Paweł III był sympatykiem nowo utworzonego Towarzystwa Jezusowego i wysłał Layneza do Trydentu jako swojego teologa. Diego przybył na sobór razem z Alfonso Salmerónem 18 maja 1546, pięć miesięcy po jego rozpoczęciu. Szybko zdobył sobie uznanie, pozwolono mu na przykład na wygłaszanie kazań w Trydencie, choć normalnie dla biorących udział w soborze teologów było to zakazane. Również ustanowiono dla niego limit 3 godzin podczas debat soborowych, choć normalnie wynosił on godzinę.
26 października 1546 wygłosił słynną mowę o usprawiedliwieniu (teoria "podwójnego usprawiedliwienia" Seripando), która została włączona do akt soborowych pod tytułem "Disputatio de justitia imputata". Do tego czasu 28 z 37 teologów opowiedziało się przeciwko tezie o podwójnym usprawiedliwieniu. Podczas swojego trzygodzinnego przemówienia powszechnie uważanego za najlepsze dotyczące tego zagadnienia, Laynez przedstawił 12 powodów, dla których musi ona zostać odrzucona przez Kościół. Jego tezy były zgodne z Dekretem o Usprawiedliwieniu wydanym przez sobór 13 stycznia 1547.